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离子色谱柱的原理主要是通过离子交换来进行分离，它内部的离子交换剂，如离子交换树脂，会产生离子交换反应，根据各种离子流动性的差异来实现分离，当水样进入色谱柱时，水样中的离子会与色谱柱内填充的介质发生离子交换反应，由于不同离子在色谱柱内的移动速度不同，因此可以实现对不同离子的分离。
关于离子交换色谱柱是否能用于跑纯水的问题，理论上它是可以跑纯水的，纯水本身不含或含有极少量的离子，当纯水通过离子色谱柱时，由于离子交换反应，水中的离子会被分离出来，实际应用中，离子色谱主要用于分析样品中的离子成分和浓度，而不是直接用于纯水的制备，对于纯水的制备，通常会使用其他方法，如蒸馏、反渗透等。
离子色谱柱和离子交换色谱柱在原理上可以通过离子交换反应来分离离子，包括在纯水中，但是实际应用中，需要根据具体的需求和条件选择合适的方法和技术。
